<\/p>\n\n\n\n
Pr\u00e9ambule : ce long billet s\u2019appuie sur <\/em>une note de quatre pages publi\u00e9e sur Zenodo<\/em><\/strong><\/a> <\/strong>et faisant le point sur les risques encourus par PubMed\/Medline avec l\u2019arriv\u00e9e au pouvoir de l\u2019administration Trump. Cette note sera mise \u00e0 jour r\u00e9guli\u00e8rement.<\/em><\/p>\n\n\n\n Update du 21\/05<\/strong><\/em> : du fait des risques encourus par les bases de donn\u00e9es en sant\u00e9, la biblioth\u00e8que nationale de m\u00e9decine (ZB MED) a annonc\u00e9 d\u00e9but mai 2025 le lancement du projet OLSPub, qui vise \u00e0 construire une alternative europ\u00e9enne \u00e0 PubMed<\/a>.<\/em> Encore en cours de construction, le projet permettrait \u00e9galement de valoriser les publications scientifiques non-anglophones, qui sont de moins en moins pr\u00e9sentes sur PubMed. Un appel \u00e0 soutiens a \u00e9t\u00e9 lanc\u00e9 par la ZB MED.<\/em><\/p>\n\n\n\n \u00ab\u00a0Eliminate all funding for climate, wheather, and ocean laboratories and cooperative institutes\u00a0\u00bb. Cette phrase provient d’un document interne que s’est procur\u00e9 la revue Science<\/em><\/strong><\/a> et qui vise au d\u00e9mant\u00e8lement du travail scientifique men\u00e9 par la National Oceanic and Atmospheric Agency (NOAA), l’agence qui pilote entre autres la recherche \u00e9tats-unienne sur la crise climatique et ses effets.<\/p>\n\n\n\n Depuis son arriv\u00e9e au pouvoir, l’administration Trump, par le biais de son bras arm\u00e9 le Department of Government Efficiency (le DOGE, pilot\u00e9 par Elon Musk), s’attaque aux principales institutions de recherche du pays : la NASA<\/a>, l’Occupational Safety and Health Administration<\/a> <\/strong>(OSHA), entre autres institutions, ont \u00e9t\u00e9 cibl\u00e9es par des coupes budg\u00e9taires, des licenciements, de l’ing\u00e9rence et de la censure de la part des \u00e9quipes d’Elon Musk. Derni\u00e8res institutions en date (\u00e0 l’heure o\u00f9 j’\u00e9cris l’introduction de ce billet), l’Institute of Museum and Library Services (IMLS), soutien f\u00e9d\u00e9ral aux projets mus\u00e9aux et de biblioth\u00e8ques, est en cours de d\u00e9mant\u00e8lement<\/strong><\/a>, et la quasi-totalit\u00e9 des agents du National Endowment for the Humanities (NEH) ont \u00e9t\u00e9 licenci\u00e9s<\/a> 1<\/a><\/sup><\/strong>.<\/p>\n\n\n\n La situation pour la science est dramatique, aux Etats-Unis mais \u00e9galement dans le reste du monde, puisque nous sommes largement d\u00e9pendants des moyens financiers, des outils, des \u00e9quipes et des infrastructures \u00e9tats-uniennes dans notre travail. En biblioth\u00e8que ou en centre de documentation de sant\u00e9 en particulier, c’est toute une partie de l’\u00e9cosyst\u00e8me de la documentation et de la recherche qui s’appuie sur les outils d\u00e9velopp\u00e9s par la National Library of Medicine, via PubMed, Medline ou encore ClinicalTrials.gov. J’essayerai de faire le point sur les principaux risques encourus par ces services et ces outils, et les alternatives auxquelles il nous faut d\u00e8s maintenant r\u00e9fl\u00e9chir collectivement.<\/p>\n\n\n\n Avant de se plonger dans le bain, quelques rappels.<\/p>\n\n\n\n Le departement of Health and Human Services (ou HHS) \u00e9quivaut globalement \u00e0 notre minist\u00e8re de la sant\u00e9, \u00e9largi aux solidarit\u00e9s : il embauche (en tout cas, au 1er<\/sup> janvier 2025) 80 000 agents, r\u00e9partis dans l’administration du minist\u00e8re ou dans tout un ensemble d’agences et de comit\u00e9s plus ou moins ind\u00e9pendants, et qui en pilotent la politique.<\/p>\n\n\n\n Parmi celles-ci, vous en connaissez certainement plusieurs :<\/p>\n\n\n\n Au sein des NIH, l\u2019infrastructure la plus importante (pour nous, biblioth\u00e9caires et documentalistes) est sans aucun doute la National Library of Medicine (NLM). Outre un soutien aux biblioth\u00e8ques de sant\u00e9 \u00e9tats-unienne via le dispositif des Regions, et la production de documentation grand public, la NLM pilote, cr\u00e9e, maintient et donne acc\u00e8s \u00e0 quantit\u00e9 de bases de donn\u00e9es et d’instruments de recherche qui sont utilis\u00e9s bien au-del\u00e0 du monde anglo-saxon, \u00e0 commencer par PubMed.<\/p>\n\n\n\n Petit rappel, dont les formateur\u00b7rices en sant\u00e9 seront coutumier\u00b7es : PubMed, c’est le moteur de recherche, Medline, c’est la base de donn\u00e9es. Medline est une base de donn\u00e9es de pr\u00e8s de 32 millions de r\u00e9f\u00e9rences bibliographiques en sant\u00e9, tir\u00e9es de p\u00e9riodiques dont la s\u00e9lection est assur\u00e9e par la NLM sur un crit\u00e8re de qualit\u00e9 : c’est une base de r\u00e9f\u00e9rences pour toute recherche en sant\u00e9, de la m\u00e9decine aux soins infirmiers, de la pharmacie \u00e0 l’odontologie, de la ma\u00efeutique \u00e0 l’orthoptie. Gr\u00e2ce \u00e0 PubMed (dont le p\u00e9rim\u00e8tre est un peu plus large), Medline est une source gratuitement accessible dans le monde entier. Il s’agit de la premi\u00e8re base de donn\u00e9es utilis\u00e9e par les \u00e9tudiant\u00b7es, les praticien\u00b7nes et les chercheur\u00b7ses en France, et vraisemblablement dans le monde entier ; c’est la premi\u00e8re base interrog\u00e9e pour les revues syst\u00e9matiques de la litt\u00e9rature, les m\u00e9ta-analyses et les revues de la port\u00e9e. C\u2019est le point d\u2019appui de toute recherche bibliographique en sant\u00e9, qu\u2019elle soit rapide ou exhaustive, que ce soit pour un cas clinique d\u2019un\u00b7e \u00e9tudiant\u00b7e ou un important projet de recherche par une \u00e9quipe de chercheur\u00b7ses.<\/p>\n\n\n\n Derri\u00e8re PubMed\/Medline, la NLM produit de nombreuses autres bases importantes. Le MeSH est \u00e0 Medline ce que le poisson-pilote est au requin blanc : un thesaurus essentiel, dont les applications d\u00e9passent largement la seule indexation des articles disponibles sur PubMed. S’y ajoutent des bases de chimie (PubChem), de g\u00e9n\u00e9tique (dpGaP, dbVar), d’histoire de la m\u00e9decine (IndexCat), et une base essentielle pour quiconque a d\u00e9j\u00e0 accompagn\u00e9 des revues syst\u00e9matiques, ClinicalTrials.gov, qui recense des essais cliniques achev\u00e9s ou en cours, r\u00e9alis\u00e9s dans le monde entier.<\/p>\n\n\n\n PubMed et Medline, ce sont des outils qui sont utilis\u00e9s quotidiennement par quantit\u00e9 de chercheur\u00b7ses, d’\u00e9tudiant\u00b7es, de professionnel\u00b7les de sant\u00e9, de biblioth\u00e9caires et de documentalistes. Mais ce sont aussi les deux premi\u00e8res briques d’un \u00e9cosyst\u00e8me entier de bases de donn\u00e9es et d’outils de recherche. Echantillon non-exhaustif :<\/p>\n\n\n\n C’est donc toute une partie de l’\u00e9cosyst\u00e8me de la documentation en sant\u00e9 qui s’appuie, directement ou indirectement, sur les outils et services maintenus par les NIH, via la National Library of Medicine. Devant la situation actuelle, l’inqui\u00e9tude est l\u00e9gitime. Petites pr\u00e9cautions oratoires. Si quelques articles de synth\u00e8se sur la situation aux \u00c9tats-Unis <\/em>sont parus dans la presse francophone<\/em><\/strong><\/a> <\/strong>(fran\u00e7aise ou qu\u00e9becoise), une grande partie des informations que je vais d\u00e9tailler ici proviennent de journaux et de pure-players anglosaxons qui ne sont pas couverts par Europresse et dont les textes complets sont rarement accessibles. Afin d’en consulter la plupart, je vous recommande d’utiliser le mode lecture du navigateur Firefox, qui passe outre les pop-ups vous incitant \u00e0 vous abonner. Si vous avez la chance de b\u00e9n\u00e9ficier d’un wifi un peu lent et d’une certaine dext\u00e9rit\u00e9 avec un clavier dans les mains, une combinaison rapide de F5, Ctrl+A et Ctrl+C peut aussi vous permettre d’acc\u00e9der \u00e0 l’essentiel des contenus cit\u00e9s dans les paragraphes qui suivent.<\/em><\/p>\n\n\n\n Comme mentionn\u00e9 en introduction, les attaques contre les institutions scientifiques sont nombreuses et vari\u00e9es. En privant de financements des institutions comme la NASA ou la NOAA, le gouvernement Trump et le DOGE s’attaquent aussi, indirectement, \u00e0 la recherche en sant\u00e9 : comment penser en effet la sant\u00e9 sans prendre en compte les probl\u00e9matiques li\u00e9es \u00e0 l’environnement et \u00e0 la crise climatique ? Faire par cons\u00e9quent l’inventaire de toutes les attaques contre les institutions de sant\u00e9 est ardu : je vais m’y essayer ici, avec un focus sp\u00e9cifique sur le HHS et ses diff\u00e9rentes composantes. Commen\u00e7ons par le plus spectaculaire, et le plus comment\u00e9 depuis l’\u00e9tranger : la nomination de Robert Kennedy Jr.<\/a> <\/strong>\u00e0 la t\u00eate du Department of HHS. Vaccinosceptique, partisan de la th\u00e9orie complotiste du lien entre vaccination et autisme<\/strong><\/a>, Kennedy s’est lanc\u00e9 depuis sa nomination dans un grand plan de restructuration du HHS :<\/p>\n\n\n\n La reconfiguration du HSS (priv\u00e9 d’une large partie de ses moyens humains) ne repr\u00e9sente qu’une partie des actions men\u00e9es par l’administration Trump. D\u00e8s le jour de son arriv\u00e9e au pouvoir, en signant l’ordre ex\u00e9cutif n\u00b014168 (intitul\u00e9 \u00ab\u00a0Defending Women From Gender Ideology Extremism and Restoring Biological Truth to the Federal Government\u00a0\u00bb), Donald Trump a donn\u00e9 le coup d’envoi \u00e0 une campagne massive de censure qui, en ciblant ce qui est d\u00e9crit comme une \u00ab id\u00e9ologie transgenre \u00bb et son incarnation dans les services DEI<\/a> <\/strong>(le tout \u00e9tant aussi empreint de confusionnisme), s’en prend en r\u00e9alit\u00e9 aux institutions gouvernementales et aux chercheur\u00b7ses dans leur ensemble. DEI est l’abr\u00e9viation de Diversity, Equity and Inclusion : de nombreuses institutions \u00e9tats-uniennes disposent (ou plut\u00f4t : disposaient jusque d\u00e9but 2025) de services d\u00e9di\u00e9s aux probl\u00e9matiques d’\u00e9quit\u00e9 et d’inclusion, par exemple pour promouvoir les recherches sur les questions de discrimination. Les attaques contre le DEI (et l’instrumentalisation du terme par les R\u00e9publicains, ainsi que l’utilisation de ces attaques pr\u00e9cises pour s’en prendre aux institutions dans leur ensemble) sont largement similaires aux mouvements s\u2019attaquant, aux Etats-Unis ou en France, au \u00ab wokisme \u00bb 2<\/a><\/sup> .<\/p>\n\n\n\n Les manifestations de cette lutte contre le DEI ont \u00e9t\u00e9 multiples :<\/p>\n\n\n\n Les cons\u00e9quences sont difficiles \u00e0 mesurer, car elles sont tant \u00e0 court terme (suppression d’informations des sites officiels, licenciements) qu’\u00e0 moyen et long terme. Les licenciements et les interruptions de bourse ne se contentent pas de mettre fin \u00e0 des projets de recherche en cours : ils compromettent aussi la possibilit\u00e9 de pouvoir les relancer un jour. La mise en place d’un essai clinique ou d’une \u00e9tude de cohorte suppose un travail de tr\u00e8s long terme en amont (\u00e9criture d’un protocole, construction d’une organisation, d’un panel de patient\u00b7es, etc.), co\u00fbteux en moyens financiers et humains. Et les cons\u00e9quences des retards et des interruptions de ces recherches le sont aussi en sant\u00e9 publique, pour les populations<\/a>.<\/strong> A l’international, la d\u00e9cision la plus spectaculaire a \u00e9t\u00e9 l’annonce du retrait de l’OMS<\/a> (qui, pour des raisons pratiques, aura lieu dans les mois qui viennent). Ici encore les cons\u00e9quences budg\u00e9taires seront importantes : les Etats-Unis financent 20% du budget de l’OMS, ainsi que d’autres organismes internationaux de sant\u00e9. Les projets de recherche et les campagnes de sant\u00e9 publique de l’OMS seront concern\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n C’est \u00e9galement le cas des donn\u00e9es produites et diffus\u00e9es par les structures internationales. Les Etats-Unis pilotaient jusqu’\u00e0 ce printemps de nombreuses initiatives de recherche dans le monde entier, notamment en Afrique subsaharienne, via son agence de d\u00e9veloppement international USAID. Le d\u00e9mant\u00e8lement brutal de cette derni\u00e8re<\/a><\/strong> en f\u00e9vrier met un coup d’arr\u00eat \u00e0 toutes ces recherches, abandonnant les patient\u00b7es trait\u00e9\u00b7es dans le cadre d’essais cliniques<\/strong><\/a>, aboutissant au licenciement de milliers de personnes, ainsi les \u00e9quipes mobilis\u00e9es par l’universit\u00e9 John Hopkins<\/a>, et compromettant la poursuite de nombreux programmes de sant\u00e9 publique<\/a><\/strong> dans le monde entier \u2013 tout cela sans compter les cons\u00e9quences dans d\u2019autres domaines que la sant\u00e9.<\/p>\n\n\n\n La libre-circulation des chercheur\u00b7ses est \u00e9galement attaqu\u00e9e. En France, nous avons tous vu passer l’exemple de ce chercheur du CNRS refoul\u00e9 \u00e0 la fronti\u00e8re \u00e9tats-unienne<\/a><\/strong> car ayant critiqu\u00e9 la politique men\u00e9e par l’administration Trump sur les r\u00e9seaux sociaux. Des consignes de prudence<\/strong><\/a> ont \u00e9t\u00e9 produites par le minist\u00e8re de l’enseignement sup\u00e9rieur, et les chercheur\u00b7ses qui ne sont pas de nationalit\u00e9 \u00e9tats-unienne sont particuli\u00e8rement \u00e0 risque d\u2019\u00eatre arr\u00eat\u00e9s<\/a>.<\/strong><\/p>\n\n\n\n Plus marginalement pour l’instant (mais tout aussi alarmant), les courriers envoy\u00e9s par l’administration \u00e9tats-unienne \u00e0 des institutions de recherche \u00e0 l’\u00e9tranger, pour les interroger sur leurs politiques DEI : ainsi les questions re\u00e7ues par plusieurs laboratoires de recherche aux Pays-Bas<\/a>,<\/strong> et auxquelles les universit\u00e9s ont demand\u00e9 de ne pas r\u00e9pondre. En France, des courriers semblables ont \u00e9t\u00e9 re\u00e7us par des entreprises<\/a>.<\/strong><\/p>\n\n\n\n La succession rapide des informations et des d\u00e9mentis ne facilite pas l’analyse de la situation. Un bon exemple est ainsi celui de la politique tarifaire impos\u00e9e aux pays \u00e9trangers, qui a connu de nombreux rebondissements ces derni\u00e8res semaines. Or, celle-ci n’est pas sans cons\u00e9quences possibles pour la recherche en sant\u00e9 : qu’en est-il ainsi des abonnements aux services et aux bases de donn\u00e9es produites et maintenues aux \u00c9tats-Unis, ou de l’achat d’\u00e9quipement de recherche ? La succession rapide des mesures font que les informations se p\u00e9riment tr\u00e8s vite, et ce que ce billet de blog risque de se p\u00e9rimer assez vite (pensez aussi aux \u00e9quipes de Formabib \u00e0 qui je vais demander des mises \u00e0 jour jusqu\u2019\u00e0 la derni\u00e8re minute avant la publication).<\/p>\n\n\n\n Par ailleurs, l’une des caract\u00e9ristiques de l’administration Trump est le verrouillage de l’information. Depuis quelques ann\u00e9es, l’\u00e9clatement du paysage des r\u00e9seaux sociaux (parachev\u00e9 par la transformation de Twitter en X et les vagues successives de d\u00e9part qui ont amen\u00e9 chercheur\u00b7ses et biblioth\u00e9caires \u00e0 se disperser sur plusieurs alternatives) et la merdification du web et des outils de recherche 3<\/a><\/sup> rendent plus difficile l’acc\u00e8s \u00e0 l’information : le rythme tr\u00e8s rapide des mesures prises d\u00e8s janvier 2025 a ainsi \u00e9t\u00e9 difficile \u00e0 reconstituer. De mani\u00e8re plus active, l’administration \u00e9tats-unienne produit cette incapacit\u00e9 \u00e0 s’informer : en s\u00e9lectionnant ses interlocuteur\u00b7rices<\/a> <\/strong>hors des milieux journalistiques, en bannissant des journalistes d\u2019Associated Press de la Maison Blanche<\/strong><\/a>, en attaquant les Archives nationales<\/strong><\/a>, ou, pour revenir aux institutions de sant\u00e9, e<\/strong><\/a>n licenciant la grande majorit\u00e9 des agents charg\u00e9s de faciliter l’acc\u00e8s aux donn\u00e9es et de suivre les requ\u00eates adress\u00e9es au HHS<\/a>.<\/strong><\/p>\n\n\n\n S’il est difficile de les mesurer pr\u00e9cis\u00e9ment, cela ne change rien aux risques concrets qui p\u00e8sent sur les bases de donn\u00e9es maintenues par la NLM, et par extension sur l’\u00e9cosyst\u00e8me de la recherche en sant\u00e9. Est-ce que PubMed pourrait dispara\u00eetre ? C’est un peu plus compliqu\u00e9 que cela. PubMed\/Medline conna\u00eet des mutations importantes depuis quelques ann\u00e9es. Depuis 2020 en particulier, la NLM a ainsi lanc\u00e9 une entreprise de modernisation de ses outils de recherche les plus connus (PubMed, PubMedCentral, ClinicalTrials.gov), pour le meilleur (ergonomie revue, recherche par proximit\u00e9) comme pour le pire (indexation automatique des r\u00e9f\u00e9rences ajout\u00e9es \u00e0 Medline, fonctionnalit\u00e9s de mapping<\/em> automatique int\u00e9gr\u00e9es \u00e0 PubMed et qui faussent les r\u00e9sultats des recherches). Certaines fonctionnalit\u00e9s de recherche sont apparues, d’autres ont disparu. Le contexte budg\u00e9taire et les licenciements massifs au sein du HHS vont probablement mettre un coup d’arr\u00eat \u00e0 la majorit\u00e9 des projets pilot\u00e9s par la NLM.<\/p>\n\n\n\n S’il est difficile de faire des sc\u00e9narios pr\u00e9cis sur ce qui nous attend, on peut toutefois, en s’appuyant sur ce que la situation actuelle refl\u00e8te ou sur ce qui se passe dans d’autres secteurs de la recherche, distinguer deux grandes cat\u00e9gories de risques. Hilda Bastian, chercheuse ayant travaill\u00e9 aux NIH, a par ailleurs \u00e9crit tr\u00e8s vite un premier billet de blog<\/a><\/strong> dont les hypoth\u00e8ses recoupent celles que je d\u00e9taillerai. Premier sc\u00e9nario possible : une d\u00e9gradation de PubMed\/Medline (et par extension des autres bases de la NLM) avec un ralentissement ou un arr\u00eat possible des mises \u00e0 jour de la base, voire sa suppression pure et simple. C’est le sc\u00e9nario qui est apparu comme le plus pr\u00e9gnant suite \u00e0 la panne consid\u00e9rable connue par PubMed d\u00e9but mars<\/a><\/strong> ; mais de mani\u00e8re plus g\u00e9n\u00e9rale, toute personne utilisant r\u00e9guli\u00e8rement PubMed voit se multiplier depuis plusieurs semaines les bugs, les plantages et les rapports d’erreurs mentionnant qu’une recherche n’a pas pu \u00eatre op\u00e9r\u00e9e \u00e0 cause d’un probl\u00e8me de serveur. Il est impossible pour les diff\u00e9rents services maintenus par le HHS (et les NIH) de se poursuivre en l’\u00e9tat alors qu’un quart des postes du minist\u00e8re sont supprim\u00e9s, et on ne peut qu’aller vers une d\u00e9gradation du service, ou vers des choix op\u00e9r\u00e9s par les administrations qui vont arr\u00eater de maintenir ou supprimer une partie de leur offre.<\/p>\n\n\n\n Ce sc\u00e9nario est d’autant plus plausible qu’il y a un pr\u00e9c\u00e9dent : la base de donn\u00e9es en sciences de l’\u00e9ducation ERIC<\/a><\/strong>, maintenue par le minist\u00e8re de l’\u00e9ducation \u00e9tats-unien \u2013 minist\u00e8re de l’\u00e9ducation dont les R\u00e9publicains veulent la suppression<\/a><\/strong>. ERIC est une base indispensable en sciences de l’\u00e9ducation, utilis\u00e9e comme Medline \u00e0 l’international, notamment pour la production de revues syst\u00e9matiques et de m\u00e9ta-analyses. Sans communiquer dessus, le minist\u00e8re de l’\u00e9ducation a d\u00e9cid\u00e9 fin mars d’arr\u00eater l’indexation de 46% des p\u00e9riodiques de la base de donn\u00e9es, officiellement pour des raisons budg\u00e9taires. L’\u00e9volution de cette politique a \u00e9t\u00e9 d\u00e9couverte indirectement, lorsque des \u00e9diteurs ont re\u00e7u des courriels de l’administration leur signalant que leur revue ne serait plus index\u00e9e sur Eric ; et un recensement participatif<\/strong><\/a> des revues qui ne seraient plus index\u00e9es \u00e0 l’avenir a \u00e9t\u00e9 commenc\u00e9.<\/p>\n\n\n\n Pour Medline, la situation est un peu plus complexe. Le volume de r\u00e9f\u00e9rences qui y sont index\u00e9es est beaucoup plus important, plus d’un million de nouvelles r\u00e9f\u00e9rences par an ; mais depuis 2022, l’indexation est enti\u00e8rement assur\u00e9e (\u00e0 part dans certains domaines comme la pharmacie et la g\u00e9n\u00e9tique) par un moteur d’IA, le MTIA \u2013 dont le remplacement par un nouveau moteur, le MTIX, a \u00e9t\u00e9 annonc\u00e9 en 2024. Il sera plus difficile aux NIH d’assumer l’arr\u00eat de l’indexation d’une partie des publications de Medline pour des raisons budg\u00e9taires.<\/p>\n\n\n\n En revanche, les autres bases maintenues ou financ\u00e9es par le NIH pourraient \u00eatre directement concern\u00e9es. D\u00e9but avril, les NIH ont annonc\u00e9 lancer un processus de \u00ab\u00a0review\u00a0\u00bb<\/a><\/strong> d’un tiers des bases de donn\u00e9es qu’ils maintiennent ou financent : pas des bases de donn\u00e9es bibliographiques, mais des bases de donn\u00e9es d\u00e9mographiques, de chimie, de g\u00e9n\u00e9tique<\/a>, <\/strong>o\u00f9 l\u2019on va par ailleurs retrouver plusieurs domaines scientifiques d\u00e9j\u00e0 cibl\u00e9s par les attaques de l\u2019administration Trump, ainsi la National COVID Cohort Collaborative (N3C) ou le National Addiction and HIV Data Archive Program (NAHDAP) 4<\/a><\/sup>. Si les principales bases de la NLM ne sont pas concern\u00e9es (Medline, ClinicalTrials.gov, PubChem), il faut se rappeler que tout cet \u00e9cosyst\u00e8me fonctionne en interaction, et que certaines bases sont aliment\u00e9es, directement ou indirectement, par d’autres<\/a>.<\/strong> Par ailleurs, m\u00eame si le DOGE, qui pilote ces processus d\u2019examen, plaide une volont\u00e9 de r\u00e9duire les budgets de l\u2019Etat, la dimension id\u00e9ologique de ces coupes budg\u00e9taires et de ces censures est sans ambigu\u00eft\u00e9<\/a>.<\/strong><\/p>\n\n\n\n Se pose la question de l’archivage du contenu de ces bases. Si la suppression des pages et jeux de donn\u00e9es du CDC et de la FDA <\/strong>a<\/a> \u00e9t\u00e9 m\u00e9diatis\u00e9e, c’est notamment gr\u00e2ce au travail d’archivistes amateur\u00b7rices qui ont sauvegard\u00e9 par eux- et elles-m\u00eames, en s’appuyant notamment sur Internet Archive<\/a>,<\/strong> l’ensemble de ces destructions ; ce qui n\u2019exclut pas par ailleurs que des coupes invisibles n\u2019ont pas \u00e9t\u00e9 op\u00e9r\u00e9es, par exemple la base ERIC sur laquelle il n\u2019y a eu aucune communication officielle. Mais ces projets achoppent sur trois volets :<\/p>\n\n\n\n Risque moins certain, mais aux cons\u00e9quences beaucoup plus dramatiques : une alt\u00e9ration du contenu des bases de donn\u00e9es de la NLM, via la suppression de contenus d\u00e9j\u00e0 index\u00e9s, voire l’empoisonnement de ces bases de donn\u00e9es avec de la science de mauvaise qualit\u00e9, voire carr\u00e9ment complotistes ou anti-science.<\/p>\n\n\n\n Il n’y a pas \u00e0 ce jour de pr\u00e9c\u00e9dents dans les bases de donn\u00e9es \u00e9tats-uniennes ; m\u00eame dans le cas d’ERIC, le contenu d\u00e9j\u00e0 index\u00e9 de la base de donn\u00e9es est rest\u00e9 \u2013 \u00e0 ce jour \u2013 inchang\u00e9. Mais les vagues de censure qui se sont abattues sur les sites institutionnels et la proximit\u00e9 entre Robert Kennedy Jr. et les milieux complotistes et anti-vaccination peuvent laisser craindre le pire ; et les cons\u00e9quences en seraient plus graves encore.<\/p>\n\n\n\n En cas d’alt\u00e9ration du contenu des bases de donn\u00e9es en sant\u00e9, notamment Medline, c’est toute la reproductibilit\u00e9 d’un pan de la recherche en sant\u00e9, les revues syst\u00e9matiques de la litt\u00e9rature et les m\u00e9ta-analyses, qui en serait affect\u00e9e. La reproductibilit\u00e9 des recherches est un pilier de la revue syst\u00e9matique. Celle-ci est d\u00e9j\u00e0 mise \u00e0 mal par chaque suppression de bases de donn\u00e9es ou m\u00eame chaque \u00e9volution d’une interface ou d’un moteur de recherche \u2013 certaines \u00e9quations de recherche r\u00e9dig\u00e9es sur PubMed avant 2020 ne sont ainsi plus reproductibles \u00e0 l’identique aujourd’hui. Elle le serait alors de mani\u00e8re beaucoup plus importante, puisque toutes les revues syst\u00e9matiques r\u00e9alis\u00e9es en sant\u00e9 sans exception s’appuient sur Medline \u2013 ici encore, Medline est partout.<\/p>\n\n\n\n Quid alors des risques d’un empoisonnement de Medline ? Tout d’abord, PubMed n’est pas exempt de sources de mauvaise qualit\u00e9 : les revues scientifiques de qualit\u00e9 s\u00e9lectionn\u00e9es par Medline ne sont pas immunis\u00e9es contre les articles de mauvaise qualit\u00e9 et les r\u00e9tractions spectaculaires ; aussi car via PubMedCentral, dont les r\u00e9sultats sont capt\u00e9s par PubMed, des revues pr\u00e9datrices se retrouvent parfois m\u00eal\u00e9es avec le reste 5<\/a><\/sup>. Le risque porte bien sur une accentuation, une syst\u00e9matisation, en quelque sorte un empoisonnement qui donne la part belle aux revues de mauvaise qualit\u00e9, soit via l’ajout dans PubMed Central voire Medline de r\u00e9f\u00e9rences de mauvaise qualit\u00e9, soit via leur valorisation par l’algorithme de classement des r\u00e9sultats de PubMed.<\/p>\n\n\n\n S’il s’agit d’un risque tangible, c’est qu’il y a un pr\u00e9c\u00e9dent : le rachat de Twitter par Elon Musk, et sa rapide transformation en X. En s’appuyant sur le cas des \u00e9lections f\u00e9d\u00e9rales allemandes de 2025, une \u00e9tude de l’ONG Global Witness<\/strong><\/a> publi\u00e9e en f\u00e9vrier 2025 a confirm\u00e9 que les r\u00e9seaux X et TikTok poussaient en avant les contenus d’extr\u00eame-droite, en l’occurrence favorables \u00e0 l’AfD . Dans le cadre de l’initiation HelloQuitteX, plusieurs chercheur\u00b7ses \u2013 ainsi le math\u00e9maticien David Chavalarias<\/a> <\/strong>\u2013 ont soulign\u00e9 que si la mont\u00e9e de l’extr\u00eame-droite sur le r\u00e9seau social est ant\u00e9rieure au rachat par Elon Musk, elle s’est consid\u00e9rablement acc\u00e9l\u00e9r\u00e9e par la suite.<\/p>\n\n\n\n Elon Musk a depuis acquis une place consid\u00e9rable au sein de l’administration Trump. Les pouvoirs consid\u00e9rables que s’est octroy\u00e9 son d\u00e9partement, le DOGE, sont une menace directe pour les institutions scientifiques et les services publics aux \u00c9tats-Unis, relevant du coup d\u2019Etat \u2013 voir ces articles de The Atlantic<\/em><\/a> <\/strong>et de Wired<\/strong><\/em><\/a>. En t\u00e9moignent la mani\u00e8re dont se sont d\u00e9roul\u00e9es les attaques contre le NOAA<\/strong><\/a> et l’IMLS<\/strong><\/a>, ou l’appropriation des donn\u00e9es de la population<\/a><\/strong>. Le DOGE fait d\u00e9j\u00e0 preuve d\u2019ing\u00e9rence dans les projets de recherche men\u00e9s aux USA, au sein m\u00eame des NIH<\/strong><\/a>, en prenant le contr\u00f4le de chaque demande de financement<\/strong><\/a> et en contr\u00f4lant le travail des agents. Il ne fait aucun doute que s\u2019il en a l\u2019opportunit\u00e9, Elon Musk \u2013 qui, rappelons-le, a avou\u00e9 avoir achet\u00e9 Twitter pour lutter contre le \u00ab virus woke \u00bb<\/a><\/strong> qui s\u2019y trouvait, et a c\u00e9l\u00e9br\u00e9 l\u2019\u00e9lection de Donald Trump avec un salut nazi \u2013 s\u2019en saisira. Aux \u00c9tats-Unis, plusieurs institutions ou groupes de personnes luttent contre ce d\u00e9mant\u00e8lement de la recherche scientifique : au moment o\u00f9 j\u2019\u00e9cris ce billet, l\u2019universit\u00e9 d\u2019Harvard a ainsi refus\u00e9 de suivre les demandes de l\u2019administration Trump<\/a>. <\/strong>Plusieurs d\u00e9cisions de justice ont par ailleurs annul\u00e9 les d\u00e9cisions prises par le gouvernement, ainsi la suppression des pages du CDC et de la FDA<\/strong><\/a> et une partie de l\u2019annulation des financements de recherche des NIH<\/a><\/strong> \u2013 je ne sais pas si ces d\u00e9cisions ont ceci dit \u00e9t\u00e9 suivies d\u2019effet, et l\u2019administration Trump a d\u00e9j\u00e0 d\u00e9sob\u00e9i \u00e0 une injonction juridique<\/strong><\/a>. Certains mouvements tr\u00e8s m\u00e9diatis\u00e9s ont par ailleurs eu lieu, comme le mouvement international Stand Up for Science<\/a>.<\/strong><\/p>\n\n\n\n Mais toutes les institutions \u00e9tats-uniennes ne se sont pas oppos\u00e9es \u00e0 l\u2019administration Trump, et certaines ont embo\u00eet\u00e9 le pas de ses politiques anti-DEI. D\u00e8s d\u00e9but f\u00e9vrier, l\u2019American Society for Microbiology a supprim\u00e9 de son site web tout un ensemble de pages<\/a><\/strong> valorisant les travaux et les parcours de scientifiques Noir\u00b7es ou LGBTQ+. Fin mars, la tr\u00e8s importante American Psychological Association (APA) a supprim\u00e9 les crit\u00e8res de diversit\u00e9 de son programme de recrutement<\/a><\/strong>, \u00e0 rebours de ses engagements pris ces derni\u00e8res ann\u00e9es \u2013 je remets ma casquette de biblioth\u00e9caire pour rappeler que l\u2019APA maintient une autre base de donn\u00e9es tr\u00e8s utilis\u00e9e en psychologique et psychiatrie, PsycInfo.<\/p>\n\n\n\n Et nous, en Europe ? Je ne prendrai pas le risque de finir avec une liste de consignes, tout d\u2019abord car je n\u2019ai pas les r\u00e9ponses, plut\u00f4t quelques intuitions g\u00e9n\u00e9rales ; ensuite car la situation continue \u00e0 \u00e9voluer rapidement de jour en jour (m\u00eame si on peut avoir une id\u00e9e de la direction qui est prise) ; enfin car une partie des r\u00e9ponses ne pourront se trouver que dans des actions institutionnelles qui d\u00e9passent largement mon \u00e9chelle.<\/p>\n\n\n\n Quelques propositions par cons\u00e9quent :<\/p>\n\n\n\n Quelle que soit la mani\u00e8re dont la situation va \u00e9voluer, il faut se faire d\u00e8s maintenant une id\u00e9e : la d\u00e9gradation de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me de la documentation en sant\u00e9 (plus largement, de la recherche \u00e9tats-unienne) est in\u00e9luctable. Elle a d\u00e9j\u00e0 lieu, et une partie des choses qui ont d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 affect\u00e9es et d\u00e9truites ne pourront pas \u00eatre reconstruites. M\u00eame si aucune modification visible n\u2019a affect\u00e9 des bases de donn\u00e9es comme Medline et ClinicalTrials \u00e0 ce jour, je ne vois aucun sc\u00e9nario dans lequel nous pourrons continuer \u00e0 utiliser ces outils de la m\u00eame mani\u00e8re : a minima ces ressources seront moins riches, moins pertinentes que par le pass\u00e9 ; au pire elles deviendront totalement inutilisables.<\/p>\n\n\n\n Il y a par ailleurs une question de fond qui se pose : celle de notre d\u00e9pendance profonde aux outils \u00e9tats-uniens. C\u2019est une question beaucoup plus large que celle des bases de donn\u00e9es en sant\u00e9 : en biblioth\u00e8que, toute la recherche documentaire est domin\u00e9e par des outils produits par des structures priv\u00e9es (Google Scholar) ou publiques (PubMed, ClinicalTrials, ERIC). C\u2019est un \u00e9cosyst\u00e8me plus complexe de bases de donn\u00e9es et d\u2019outils de recherche documentaire qu\u2019il faut construire pour pallier \u00e7a : \u00e0 notre \u00e9chelle, en sensibilisant, en faisant circuler l\u2019information et en nous formant \u00e0 de nouveaux outils.<\/p>\n\n\n\n Colin Sidre (Universit\u00e9 Paris Cit\u00e9)<\/p>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
I \/ Un peu de contexte<\/h1>\n\n\n\nA) La recherche et la sant\u00e9 aux \u00c9tats-Unis<\/h2>\n\n\n\n
1\u00b0 Quelles institutions ?<\/h3>\n\n\n\n
\n
<\/p>\n\n\n\n2\u00b0 A quel point est-on d\u00e9pendant de PubMed ?<\/h3>\n\n\n\n
\n
<\/p>\n\n\n\nB) Ce qui s’est pass\u00e9 depuis l’arriv\u00e9e de Trump au pouvoir<\/h2>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n1\u00b0 Le d\u00e9mant\u00e8lement des institutions de recherche \u00e9tats-uniennes<\/h3>\n\n\n\n
\n
\n
<\/p>\n\n\n\n2\u00b0 Un impact international<\/h3>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\nII \/ Les risques pour les bases de donn\u00e9es en sant\u00e9<\/h1>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\nA) De la d\u00e9gradation \u00e0 la disparition de PubMed\/Medline<\/h2>\n\n\n\n
\n
<\/p>\n\n\n\nB) Les risques d’un empoisonnement de PubMed\/Medline<\/h2>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\nIII \/ Que faire ?<\/h1>\n\n\n\n
\n
\n\n\n\n
\n\n\n\n